L’autonomie et la contractualisation Etat-Université ont été promulguées dans la loi 01-00 relative à l’enseignement supérieur, publiée en 2000. Cependant, ces aspects n’ont pas été réellement mis en œuvre, hormis une expérience de contractualisation pour la période 2009-2012 qui n’a pas été pérennisée. En outre, cette loi a instauré la nomination des présidents d’université sur la base d’un projet de développement universitaire pour une période de quatre ans. Par ailleurs, le paysage universitaire marocain a connu au cours des dix dernières années le développement d’universités créées dans le cadre de partenariats public-privé, en tant que fondations à but non lucratif lucratives.
L’autonomie et la contractualisation ont d’ailleurs été consolidées dans la loi-cadre 51-17 relative à l’éducation, la formation et la recherche scientifique et opérationnalisées dans le plan d’action du ministère de l’Enseignement supérieur dans le cadre du plan ESRI 2030 au niveau de l’axe stratégique 3 “Excellence opérationnelle et gouvernance 4.0”.